基因組DNA提取常見(jiàn)問(wèn)題
你知道基因組DNA提取的常見(jiàn)問(wèn)題有哪些嗎?讓我們一起來(lái)看看吧!
一、DNA提取產(chǎn)量低?
(1)實(shí)驗(yàn)材料量太少。適當(dāng)增加材料用量。
(2)樣本裂解不充分。適當(dāng)減少樣品量,用液氮或勻漿器對(duì)樣品進(jìn)行研磨和勻漿,加入裂解液后使其和樣品充分混勻,適當(dāng)延長(zhǎng)裂解時(shí)間。
(3)提取材料質(zhì)量不好。保證樣品本身DNA含量,盡量選用富含核酸的組織或新鮮組織提取基因組DNA,樣品采集后應(yīng)盡快保存在-80℃或液氮中,避免樣品反復(fù)凍融或保存時(shí)間過(guò)久。若樣品DNA含量較少,即使電泳檢測(cè)不到明顯的DNA條帶,仍可嘗試進(jìn)行PCR檢測(cè),建議使用靈敏度高的酶進(jìn)行擴(kuò)增。
(4)DNA斷裂或降解。避免因移液槍反復(fù)吹吸或反復(fù)凍融樣品造成的DNA損傷,及避免在操作過(guò)程中帶入外源DNase污染。
(5)若采用試劑盒法(吸附柱法)提取基因組DNA,還有可能因?yàn)椴糠衷噭┪刺砑訜o(wú)水乙醇。使用前必須按規(guī)定量添加無(wú)水乙醇,溶液使用完后立即蓋緊蓋子。
二、提取的基因組DNA純度低,影響下游酶切、PCR等實(shí)驗(yàn)?
(1)DNA中含有蛋白、多糖、多酚類(lèi)雜質(zhì)。重新純化DNA,去除殘留蛋白和糖酚。
(2)DNA在溶解前,有乙醇?xì)埩粢种坪罄m(xù)酶反應(yīng)。重新沉淀DNA,充分揮發(fā)乙醇。
(3)DNA中有金屬離子殘留。增加70%乙醇洗滌次數(shù)。
三、試劑盒法(吸附柱法)提取基因組DNA
(1)DNA鹽濃度過(guò)高:在使用漂洗液進(jìn)行清洗時(shí),可沿吸附柱的管壁四周加入,且加入漂洗液后室溫靜置5min,有助于清洗掉吸附柱膜上殘留的鹽離子。
(2)洗脫的DNA中殘留乙醇:向吸附柱中加入洗脫液前,需室溫靜置2min,讓殘留的乙醇揮發(fā)后進(jìn)行洗脫。
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